Maybe the signals got reversed? When you look at the encoder signal under hal configuration, do you see it count when you move the axis manually? If so, does the count go up in the positive direction?
from Google translate:
Vielleicht wurden die Signale umgekehrt? Wenn Sie sich das Encoder-Signal in Hal-Konfiguration ansehen, sehen Sie, wie es zählt, wenn Sie die Achse manuell bewegen? Wenn ja, steigt die Zählung in die positive Richtung?