Problema de altura en el eje Z

Hola a todos. Tengo una CNC3040 con motores nema 23 con electrónica mesa 7I96 y husillos de bolas recirculantes.
    la utilizo para la fabricación de prototipos de placas de circuito impreso o PCB, pues antes de empezar ha hacer el trabajo tengo que subir y bajar muchas veces el eje Z para que corte a la medida exacta... Por ejemplo. 
Mando el comando para que los ejes se posicionen en el origen de la pieza y le cargo el archivo gcode y le doy a empezar. Pues observo que no está cortando a la altura correcta, vuelvo a mandar los ejes al origen máquina y vuelvo a darle a comenzar el trabajo y vuelve a cortar a la altura incorrecta y vuelvo a repetir el ciclo hasta que en una de esas ya corta a la altura correcta y ya no vuelve a perder la altura y termina el trabajo perfectamente, en los ejes X e Y no le pasa eso ¿Alguien sabe que le pasa al eje Z y como podría corregir el problema?.
Saludos

Possibly  like an issue with:

1. Z home switch

2. home switch debouncing

3. home latch velocity too high